Muş Alparslan Üniversitesi Eğitim-Öğretim Komisyonu üyeleri, Eğitim-Öğretimden sorumlu Rektör yardımcısı başkanlığında, Fakültelerde eğitim-öğretimden sorumlu dekan yardımcıları, Enstitülerde/Yüksekokul/Meslek Yüksekokullar bünyesinde eğitim-öğretimden sorumlu müdür yardımcılarından oluşur.  Komisyonun sekretarya işlerini Öğrenci İşleri Daire Başkanı yürütür.